Veksø Kirke er en traditionel middelalderkirke. Ved den indvendige restaurering blev der kalket og installeret et nye el-varmeanlæg og kirkens gamle bjælkeloft var skjult under et pudsloft men blev fremdraget, restaureret og malerbehandlet.
Pulpiturpanelet fra 1663 er restaureret at Nationalmuseets konservatorer og nu ophængt på skibets vestvæg over tårnbuen. En del af stolestaderne blev forsynet med nye gavle så de kan friholdes fra ydervæggene og stolestader og inventar i øvrigt er nystafferet med udgangspunkt i pulpiturpanelet og det øvrige historiske inventars farveholdninger. Ifm. restaureringen blev der udført arkæologiske udgravninger hvor der foruden en del gamle mønter, enkelte helt tilbage fra 1300-tallet, blev fundet oprindelig vægbænk og en gammen trappe mellem kor og skib. Veksø Menighedsråd har udgivet en bog om restaureringen af Veksø Kirke 2007-2008